三峯神社は今から千九百年ほど昔、日本武尊（やまとたけるのみこと）がわが国の平和をお祈りし国産みの神様をおまつりしたのが始まりです。尊を導いた山犬（オオカミ)がお使いの神です。

三峯の名は神社の東方にそびえる雲取山（くもとりさん）、白岩山（しらいわさん）、妙法ヶ岳（みょうほうがたけ）の三つの峯が美しく連なることから呼ばれます。

天平時代に国々に疫病（えきびょう）が流行し聖武天皇（しょうむてんのう）は当社にも祈願され、「大明神」号を賜（たまわ）ったと伝えます。平安時代には修験道（しゅげんどう）の開祖焔の役小角（えんのおづね）が修行し、山伏の修験道場となりました。鎌倉時代の武将畠山重忠（はたけやましげただ）は当社を篤（あつ）く崇敬（すうけい）し、社前の大杉は重忠が奉納したものです。

山深い三峯山は時に盛衰（せいすい）がありましたが、戦国時代には行者道満（どうまん）が社頭（しゃとう）の復興に尽くしました。江戸時代には山主日光法印が各地に三峯信仰(災難除）を広め社殿の造営を行い現在の基をきづきました。神様と仏様をおまつりしていた三峯山は、明治の神仏判然令（しんぶつはんぜんれい）により神様だけをまつる神社となりました。秩父宮記念三峰山博物館では三峯山の歴史や文化を知ることが出来ます。